Em 2012, a UFAC não aderiu ao Sistema de Seleção Unificada (SiSU). As listas de aprovados nos cursos de graduação foram feitas pela própria universidade, através das notas enviadas pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais (Inep).
Os 40 aprovados em primeira chamada para o curso de medicina não efetivaram a matrícula na instituição. As 40 vagas oferecidas foram disputadas por 7.331 mil candidatos, uma média de 183,275 candidatos por vaga.
A USP e a UFAC mantém pesquisas sobre saúde e nutrição em Acrelândia desde o início de 2003. Em setembro passado as duas universidades lançaram o blog Frutos do Norte: alimentação e nutrição em saúde. Outra parceria entre essas instituições é o programa de formação de doutores na área de saúde publica que disponiblizará 20 vagas.